Disputada desde 1989, a Copa do Brasil chega a 36ª edição em 2024. De todas essas, o Bragantino esteve presente em 13 edições do campeonato. Neste ano, ao chegar às oitavas de final, o Massa Bruta já iguala as duas melhores campanhas da história do clube, registradas em 2014 e 2020.
A primeira participação do Braga na Copa do Brasil foi em 2002, após ter sido convidado pela CBF. Na ocasião, o Massa Bruta foi eliminado ainda na primeira fase ao ser derrotado pelo Paraná por 3 a 1 no Marcelo Stefani (atual Nabi Abi Chedid).
O time voltou à competição apenas em 2008, quando caiu na segunda fase. O Bragantino eliminou o Democrata-MG na primeira fase, mas foi eliminado pelo Vasco na etapa seguinte.
Em 2014 o Braga fez sua melhor campanha na história da competição. O time passou pelo Lajeadense-RS, na primeira fase, eliminou o Figueirense, nos pênaltis, na segunda fase e conquistou a classificação para as oitavas ao eliminar o São Paulo em pleno Morumbi. Nas oitavas, o Massa Bruta chegou a vencer o Corinthians no jogo de ida, mas foi eliminado ao ser derrotado por 3 a 1 no jogo de volta.
O Bragantino ficou de fora da competição em 2019, mas retornou em 2020 ao conseguir a classificação direto para as oitavas de final por ter sido o campeão da Série B do ano anterior. Nesta edição o Massa Bruta caiu para o Palmeiras logo na primeira fase que participou.
Em 2021 o Red Bull Bragantino eliminou o Mirassol na primeira fase, passou pelo Luverdense e caiu para o Fluminense na terceira fase da competição. Em 2022, o Massa Bruta entrou na terceira fase e já foi eliminado para o Goiás. Na última participação, no ano passado, o Braga eliminou o Bahia de Feira de Santana na primeira fase e caiu na etapa seguinte para o Ypiranga de Erechim.
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